一、工作背景
根据《食品安全法》及其实施条例有关规定，原卫生部先后于2010年、2011年发布了《可用于食品的菌种名单》（含21个菌种）、《可用于婴幼儿食品的菌种名单》（含4个菌种的6个菌株）。2013年《新食品原料安全性审查管理办法》施行后，又陆续审批公告了16个可用于食品的菌种和8个可用于婴幼儿食品的菌株。随着生物科技的发展，近年来，有关国际权威组织对涉及2个名单中部分菌种和菌株的分类学地位和拉丁名称进行了调整，并在相关国际食品和贸易领域广泛使用。为规范两个名单的管理，顺应国际食品贸易需要，便于公众检索查询，国家卫生健康委委托国家食品安全风险评估中心对上述2个名单进行更新完善。
二、需要说明的主要问题
（一）更新原则。一是对两个名单进行增补完善。将原《可用于食品的菌种名单》和《可用于婴幼儿食品的菌种名单》公布之后，又陆续批准公告的16个可用于食品的菌种和8个可用于婴幼儿食品的菌株增补进名单。二是调整菌种菌株名称。某些微生物的分类学地位已经基于全基因组测序结果发生了改变，国际上也做了相应的调整。本次对已经修改名称的菌，基于菌拉丁文名称的原始词根、结合国际上对该词根的注解进行中文翻译，并尽量与已有菌的拉丁文中词根相同部分的中文翻译保持一致。三是更新《可用于食品的菌种名单》的菌种具体到亚种。鉴于菌种的安全性和有效性具有株的特异性，为了确保食用安全，对于国际科技界将菌分类到亚种，或根据新的分类学规则变为亚种的菌种，名单中的表述具体到亚种（其中动物双歧杆菌<乳双歧杆菌>重新划分为2个亚种）。
（二）新旧菌种名单的衔接。菌种名称的更新既是科学问题，也涉及产业的平稳发展。在长期的生产经营过程中，产业在市场流通的产品均使用原2个名单的菌种名称（包括中文名称和拉丁名称），消费者已形成普遍认知。名单更新后，政策宣贯解读、企业调整标签标识、原产品库存消化等需要一定过程。为了确保管理科学稳定、不影响正常生产经营，设置了2年的过渡期。并在更新的名单中保留了原名单的中文名称和拉丁名称，便于菌种使用者和管理者查阅。过渡期内新旧菌种名称均可以使用，过渡期满后均需使用更新后的菌种名单。
（三）更新内容的参考依据。本次名单更新主要依据是国际科技界基于全基因组测序技术在微生物分类学中应用的最新研究成果。在具体菌种的归属和表述上也参考了欧洲食品安全局（EFSA）、国际乳品联合会（IDF）等国际组织和加拿大、丹麦等相关国家对拟更新菌种名单的分类和管理，更新后的名单有较好的国际法规衔接和一致性，便于产业发展。
三、更新的具体内容
（一） 在《可用于食品的菌种名单》和《可用于婴幼儿食品的菌种名单》中动物双歧杆菌（Bifidobacterium
animalis）增加动物双歧杆菌动物亚种(Bifidobacterium
animalis subsp. animalis)，乳双歧杆菌(Bifidobacterium
lactis)更名为动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium
animalis subsp. lactis)；长双歧杆菌(Bifidobacterium
longum )更名为长双歧杆菌长亚种(Bifidobacterium
longum subsp. longum)，婴儿双歧杆菌(Bifidobacterium
infantis )更名为长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium
longum subsp. infantis)，德氏乳杆菌保加利亚亚种（保加利亚乳杆菌）（Lactobacillus
delbrueckii subsp. bulgaricus）更名为德氏乳杆菌保加利亚亚种（Lactobacillus
delbrueckii subsp. bulgaricus），嗜热链球菌（Streptococcus
thermophilus）更名为唾液链球菌嗜热亚种（Streptococcus
salivarius subsp. thermophilus），乳酸乳球菌乳酸亚种（Lactococcus lactis subsp.
lactis）更名为乳酸乳球菌乳亚种（Lactococcus lactis subsp. lactis），乳酸乳球菌双乙酰亚种（Lactococcus
lactis subsp. diacetylactis）更名为乳酸乳球菌乳亚种（双乙酰型）（Lactococcus lactis subsp.
lactis biovar diacetylactis），乳酸乳球菌乳脂亚种（Lactococcus
lactis subsp. cremoris）更名为乳脂乳球菌（Lactococcus cremoris）。
（二）根据国际有关菌种分类地位的变化情况，《可用于食品的菌种名单》及《可用于婴幼儿食品的菌种名单》中12个菌种更新为不同种属。
1.干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）、副干酪乳杆菌（Lactobacillus
paracasei）和鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus
rhamnosus）分别更名为干酪乳酪杆菌（Lacticaseibacillus casei）、副干酪乳酪杆菌（Lacticaseibacillus paracasei）和鼠李糖乳酪杆菌（Lacticaseibacillus
rhamnosus）；
2.发酵乳杆菌（Lactobacillus fermentum）和罗伊氏乳杆菌（Lactobacillus
reuteri）分别更名为发酵粘液乳杆菌（Limosilactobacillus
fermentum）和罗伊氏粘液乳杆菌(Limosilactobacillus reuteri)；
3.植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）更名为植物乳植杆菌（Lactiplantibacillus
plantarum）;
4.唾液乳杆菌（Lactobacillus salivarius）更名为唾液联合乳杆菌（Ligilactobacillus
salivarius）;
5.弯曲乳杆菌（Lactobacillus curvatus）和清酒乳杆菌（Lactobacillus
sakei）分别更名为弯曲广布乳杆菌（Latilactobacillus curvatus）和清酒广布乳杆菌（Latilactobacillus
sakei）；
6.产丙酸丙酸杆菌（Propionibacterium
acidipropionici）更名为产丙酸丙酸菌 （Acidipropionibacterium acidipropionici）；
7.凝结芽孢杆菌（Bacillus coagulans）更名为凝结魏茨曼氏菌（Weizmannia coagulans）；
8.小牛葡萄球菌 （Staphylococcus vitulinus）更名为小牛动物球菌（Mammaliicoccus
vitulinus）。